Кн. 3 "Миллениум" содержит заключительные главы романа и Эпилог, из которых читатель узнает о том, как московский журналист Дмитрий Павлов возвратится в XX век, а его родной брат-близнец станет свидетелем событий 3798 года — последней даты, упомянутой великим Нострадамусом. Параллельно развивается сюжет о судьбе прототипа главного героя и его жены Елены Сергеевны, с которых программист Геннадий Галыгин списал исходные данные, преобразованные программой "ЭП-Мастер" в художественные образы нового Мастера и Маргариты.